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結構基序預測蛋白質功能-資料下載頁

2026-05-04 22:10本頁面

　　

【正文】 rity S(A,B) between the binding sites A and B is defined as 3. Functions defined by UniProt keywords 我們從 PDB數據庫中提取的每個亞基（均至少含有一個配體結合位點）在 Uniprot數據庫中均可找到注釋。因此，我們要確定他們的關鍵詞從而確定其在 Uniprot中的 entries。 Two subunits whose associated sets of keywords are exactly identical are defined to have the same function. The similarity between two UniProt functions are defined by the Jaccard index between the sets of keywords associated with the functions . 4. Similarity between two sets Given the sets A and B, their similarity is defined by the Jaccard index J(A,B): posite motif elementary motifs function UniProt keywords metaposite motif posite motifs metasequence motif sequence clusters 5. Sequence clusters To define metasequence motifs, pletelinkage Clustering was applied to the result of an allagainstall BLAST. type1 ： based solely on BLAST Evalue cutoff of type2 ： based on sequence identity cutoff of 100% 6. Comparison between motif similarity and function similarity For posite motifs, a representative was randomly selected from each posite motif. For binding sites, a representative was randomly selected from each elementary protein sequences, a representative was randomly selected from each type2 sequence cluster. THANK YOU

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