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基因組學(xué)復(fù)習(xí)大全(編輯修改稿)

2026-05-14 00:23 本頁面

　

【文章內(nèi)容簡介】并屬于該克隆范圍的重疊群。⑶以40kb重復(fù)。⑷以BAC重復(fù)，搭建支架，填補(bǔ)間隙。用不同長度文庫原因：⑴保留文庫中可能丟失的克隆片段。任何一種載體都會(huì)因?yàn)椴迦肽承┢伟l(fā)生不兼容不能擴(kuò)增發(fā)生丟失。⑵擴(kuò)大覆蓋面。⑶校正由重復(fù)序列產(chǎn)生的差錯(cuò)。優(yōu)點(diǎn)：⑴測(cè)序速度快，無需提供相關(guān)遺傳圖物理圖⑵覆蓋面較大缺點(diǎn)：⑴基因組太大，結(jié)構(gòu)復(fù)雜，會(huì)使組裝的起始工作量大。⑵短重復(fù)序列及數(shù)量分布在基因組中使組裝可能出現(xiàn)錯(cuò)誤。⑶可能存在大量無法填補(bǔ)的間隙。：①重要區(qū)域優(yōu)先測(cè)（人類主要組織相容性復(fù)合體MHC）②EST測(cè)序：mRNA經(jīng)反轉(zhuǎn)錄可合成cDNA，其不包括內(nèi)含子，可直接測(cè)序重要信息。優(yōu)點(diǎn)：⑴容易構(gòu)建文庫⑵只需一次cDNA測(cè)序即可獲得EST序列⑶準(zhǔn)確性高：物理圖+鳥槍，2個(gè)路線：全基因組組裝、區(qū)間化組裝。第五章基因組序列注釋一、搜尋基因方法：①根據(jù)已知序列分析尋找與基因相關(guān)的②實(shí)驗(yàn)研究其產(chǎn)物和表型影響：一系列指令氨基酸的密碼子,包括起始和終止密碼子。意義：搜尋及讀框找出序列，根據(jù)已知規(guī)則來推測(cè)可能基因。高等真核生物ORF閱讀困難：⑴基因間存在大量非編碼序列⑵絕大多數(shù)基因含有非編碼的內(nèi)含子⑶外顯子長度不確定，不能根據(jù)長度判斷。影響讀碼：⑴密碼子偏愛：編碼同一氨基酸的密碼子在不同種屬間使用頻率有差異。⑵外顯子內(nèi)含子邊界常有例外：內(nèi)含子5’端稱供體位，3端受體位。⑶上游控制序列：上游調(diào)控序列可與DNA結(jié)合蛋白作用控制基因表達(dá)。但常有變動(dòng)。：利用數(shù)據(jù)庫中的基因序列與待查的進(jìn)行比較，找出可匹配的堿基蛋白質(zhì)序列來識(shí)別基因。查找依據(jù)：⑴存在某些完全相同序列⑵ORF讀框排列類似⑶ORF指令的氨基酸序列相同⑷模擬的多肽高級(jí)結(jié)構(gòu)相似。孤獨(dú)基因：缺少同源序列的ORF。同源性：源于同一祖先但序列已經(jīng)發(fā)生變異的序列的關(guān)聯(lián)性。氨基酸一致性或相似性25%以上則為同源基因。一致性：同源DNA序列的同一堿基位置上相同的堿基成員或蛋白質(zhì)中同一氨基酸位置相同的氨基酸成員比例。百分比表示。相似性：指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列中一致性氨基酸的可取代氨基酸所占比例。百分比表示。①分子雜交科確定DNA片段是否含表達(dá)序列。Northern印跡法：分子雜交時(shí)從樣品中純化的RNA經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分離，然后轉(zhuǎn)移到雜交膜上，再將待測(cè)DNA標(biāo)記后與RNA雜交，如果RNA中含有DNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，則會(huì)有信號(hào)。問題：⑴基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物可變剪接或是多基因家族成員，也會(huì)出現(xiàn)多個(gè)信號(hào)⑵基因的表達(dá)具有組織專一性和發(fā)育階段的差別而使RNA樣品不一定含有基因產(chǎn)物⑶不同基因表達(dá)產(chǎn)物豐度差大，對(duì)低拷貝產(chǎn)物應(yīng)提高上樣量。如用擬Northern分析法。動(dòng)物園雜交法：一些親緣關(guān)系近的物種，編碼區(qū)相似度高，非編碼區(qū)低，如果與親緣物種DNA片段雜交產(chǎn)生陽性信號(hào)，說明該段有編碼基因。②EST和cDNA指認(rèn)基因：可以發(fā)現(xiàn)漏注基因，還可以找內(nèi)含子外顯子邊界。不利影響：⑴目標(biāo)cDNA在文庫中占比很低。解決：將文庫分為若干亞群，進(jìn)行初篩?；騝DNA均一化，抑制高拷貝cDNA數(shù)量，增加低拷貝數(shù)量。⑵mRNA分子有時(shí)會(huì)產(chǎn)生二級(jí)結(jié)構(gòu)，逆轉(zhuǎn)錄酶遇到二級(jí)結(jié)構(gòu)就終止，從而產(chǎn)生殘缺cDNA。解決：高溫減少二級(jí)結(jié)構(gòu)生成。③全長cDNA邊界序列文庫構(gòu)建=基因鑒別信號(hào)GIS：以SAGE技術(shù)為基礎(chǔ)，結(jié)合全長cDNA克隆，專門分離其5端3端各20個(gè)堿基序列，建立所有末端多連體CIS文庫。過程：⑴合成全長cDNA，連首尾接頭，純化后連接載體，擴(kuò)增，凝膠分離50bp二連體DNA，混合插入載體克隆，測(cè)序比對(duì)確定邊界。④基因命名：座位：不是基因的同義詞，而由遺傳標(biāo)記指定的染色體連鎖圖上的某位置。二、基因注釋計(jì)算機(jī)注釋用同源性比較。同源包括：直系同源基因：不同物種間同源基因。共生同源基因（平行同源）：同一物種基因因倍增產(chǎn)生。倍增基因：基因組加倍產(chǎn)生。三、基因功能檢測(cè)：前者反求遺傳學(xué)，從基因出發(fā)，有目的改變靶基因來觀察表型。后者正向遺傳學(xué)，從表型到基因。但表型效應(yīng)有時(shí)不易觀察?；蛱蕹簩o關(guān)DNA片段取代某一特定基因。原理：在無關(guān)片段兩側(cè)連接與代換基因兩端相同序列，導(dǎo)入目的細(xì)胞，同源重組后整合到了目標(biāo)染色體上。（功能增益）：⑴增加拷貝⑵采用強(qiáng)啟動(dòng)子四、高通量基因功能研究方法：要求：⑴突變體可以穩(wěn)定遺傳⑵可以有效快速地分離突變基因⑶可反復(fù)不斷產(chǎn)生突變基因標(biāo)簽法：利用轉(zhuǎn)座子構(gòu)建插入突變庫，系統(tǒng)地分離與克隆功能基因和調(diào)控序列。依據(jù)：⑴植物細(xì)胞全能型，外源基因可表達(dá)⑵轉(zhuǎn)座子的隨機(jī)插入可獲得大量突變，根據(jù)插入來合成探針，可分離被破壞位點(diǎn)來分析組成⑶可發(fā)生回復(fù)突變。 AcDs轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)原理：Ac因子轉(zhuǎn)座酶基因構(gòu)建嵌合載體；外顯子捕獲載體構(gòu)建；植株AB雜交；增強(qiáng)子捕獲載體。：互作的兩個(gè)蛋白，一個(gè)已鑒定，則可分離分析另一蛋白。噬菌體外顯：檢測(cè)基因和噬菌體外殼蛋白基因融合，當(dāng)遇到互作蛋白會(huì)發(fā)生聚合，純化后檢測(cè)。酵母雙雜交系統(tǒng)。五、組學(xué)轉(zhuǎn)錄物組：某一條件下單個(gè)或一組細(xì)胞具有的mRNA總和，可由SAGE基因表達(dá)系列分析六、基因本體：通用詞匯體系。分為三方面，細(xì)胞組分，生物學(xué)過程，分子功能，其編排是以樹形圖方式展開來對(duì)基因和基因功能進(jìn)行描述的。第六章基因組解剖一、原核基因組解剖操縱子、最小基因組、完美基因組二、真核染色體數(shù)目：一種螞蟻?zhàn)疃蹋蝗旧w組型（核型）；染色體核型分析；染色體顯帶：有些染料可以和中期染色體特異性結(jié)合產(chǎn)生獨(dú)特帶型；常染色質(zhì)和異染色質(zhì)區(qū)別：異：分布在細(xì)胞核周緣，染色深，結(jié)構(gòu)緊密，使控制基因表達(dá)的蛋白無法接近DNA、常：染色淺，基因松散有活性，調(diào)控因子可以接觸。異染色質(zhì)：組成型：不含任何基因，持久保持致密，例如著絲粒和端粒。兼性：周期性處于活性狀態(tài)。異常染色體：小染色體：體積小，但富含基因。B染色體：正常染色體的斷片，存在時(shí)會(huì)影響生物表型。DNA環(huán)：中期染色體除去結(jié)合蛋白剩下的從致密蛋白骨架向外伸展的DNA環(huán)。核基質(zhì)：類似支架的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，分布在整個(gè)細(xì)胞核中結(jié)構(gòu)區(qū)域：被核基質(zhì)分隔成的相對(duì)獨(dú)立的區(qū)域骨架附著區(qū)：染色體骨架結(jié)合著的DNA序列基質(zhì)附著區(qū)：核基質(zhì)結(jié)合的DNA序列等高線：連續(xù)分布的具有相似堿基組成的DNA區(qū)段，在基因組中成片鑲嵌排列。CpG島：指基因組中富含雙堿基CpG的序列，GC含

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